Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- g -

• gammaCorrection() : utils.ExtraMath
• gcd() : utils.GridOperations
• get_nJ() : simulator.AgentContainer
• get_nK() : simulator.AgentContainer
• getActiveFrac() : simulator.agent.LocatedAgent , simulator.agent.zoo.Bacterium
• getAgentTimeStep() : simulator.AgentContainer
• getAllBoundaries() : simulator.geometry.Domain , simulator.geometry.IsComputationDomain
• getAllBulkValue() : simulator.World
• getAttribute() : utils.XMLParser
• getAttributeDbl() : utils.XMLParser
• getAttributeStr() : utils.XMLParser
• getAverage() : simulator.SpatialGrid
• getBabyMassFrac() : simulator.agent.LocatedAgent
• getBiomass() : simulator.geometry.Domain , simulator.geometry.IsComputationDomain
• getBirthday() : simulator.agent.zoo.Bacterium
• getBorder() : simulator.detachment.LevelSet , simulator.geometry.Domain , simulator.geometry.IsComputationDomain
• getBoundaryLayer() : simulator.geometry.Domain , simulator.geometry.IsComputationDomain
• getBulk() : simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC , simulator.geometry.boundaryConditions.BoundaryBulk , simulator.geometry.boundaryConditions.BoundaryGasMembrane , simulator.geometry.boundaryConditions.IsBC , simulator.World
• getBulkTimeConstraint() : simulator.World
• getBulkValue() : simulator.geometry.boundaryConditions.BoundaryGasMembrane , simulator.geometry.boundaryConditions.IsBC , simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC , simulator.geometry.boundaryConditions.BoundaryBulk
• getCellRunSpeed() : simulator.agent.LocatedParam
• getChild() : utils.XMLParser
• getChildAttrDbl() : utils.XMLParser
• getChildAttrStr() : utils.XMLParser
• getChildElement() : utils.XMLParser
• getChildren() : utils.XMLParser
• getChildSuchAttribute() : utils.XMLParser
• getCloneGrid() : simulator.SpatialGrid
• getColor() : simulator.agent.LocatedAgent , simulator.agent.zoo.BactAdaptable , simulator.agent.zoo.Bacterium , utils.UnitConverter
• getColorCapsule() : simulator.agent.LocatedAgent , simulator.agent.zoo.Bacterium
• getComplexAt() : utils.ComplexArray
• getContinuousCoordinates() : simulator.SpatialGrid
• getCopyNumber() : simulator.agent.zoo.Episome , simulator.agent.zoo.MultiEpisome
• getCurrentIter() : idyno.SimTimer
• getCurrentTime() : idyno.SimTimer
• getCurrentTimeStep() : idyno.SimTimer
• getDateFileName() : utils.LogFile
• getDblAttrOfChildSuchAttribute() : utils.XMLParser
• getDeathRadius() : simulator.agent.LocatedAgent
• getDiffusivity() : simulator.geometry.Domain , simulator.geometry.IsComputationDomain , simulator.SoluteGrid
• getDimension() : utils.ComplexArray
• getDiscreteCoordinates() : simulator.SpatialGrid
• getDistance() : simulator.agent.LocatedAgent , simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC , simulator.geometry.boundaryConditions.BoundaryCyclic , simulator.geometry.boundaryConditions.IsBC , simulator.geometry.shape.IsShape , simulator.geometry.shape.Planar
• getDivRadius() : simulator.agent.LocatedAgent
• getDomain() : simulator.agent.LocatedAgent , simulator.SoluteGrid , simulator.World
• getElement() : utils.XMLParser
• getExp2Rand() : utils.ExtraMath
• getFinest() : simulator.diffusionSolver.multigrid.MultigridSolute
• getGradient() : simulator.SpatialGrid
• getGradient2D() : simulator.SpatialGrid
• getGrid() : simulator.diffusionSolver.multigrid.MultigridSolute , simulator.geometry.Domain , simulator.geometry.IsComputationDomain , simulator.SpatialGrid
• getGridDescription() : simulator.AgentContainer
• getGridElement() : simulator.agent.LocatedAgent
• getGridIndex() : simulator.agent.LocatedAgent , simulator.agent.SpecialisedAgent
• getGridLength() : simulator.SpatialGrid
• getGridLocation() : simulator.AgentContainer
• getGridPosition() : simulator.AgentContainer
• getGridSizeI() : simulator.SpatialGrid
• getGridSizeJ() : simulator.SpatialGrid
• getGridSizeK() : simulator.SpatialGrid
• getGridTotalSize() : simulator.SpatialGrid
• getGuild() : simulator.reaction.Reaction
• getHost() : simulator.agent.zoo.Episome
• getImag() : utils.Complex
• getImagAt() : utils.ComplexArray
• getIndexedPosition() : simulator.AgentContainer
• getInteractDistance() : simulator.agent.LocatedAgent
• getInterface() : simulator.geometry.Domain
• getIntersection() : simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC , simulator.geometry.boundaryConditions.IsBC
• getKinetic() : simulator.reaction.Reaction
• getLandingPoint() : simulator.detachment.LevelSet
• getLatestVersion() : soft_update.Check_Release_Status
• getLevelSet() : simulator.AgentContainer
• getLocalDetachmentSpeed() : simulator.detachment.DS_Biomass , simulator.detachment.DS_Proportional , simulator.detachment.DS_Quadratic , simulator.detachment.DS_SolGrad , simulator.detachment.LevelSet
• getLocation() : simulator.agent.LocatedAgent
• getLongestSize() : simulator.geometry.Domain
• getMarginalDiffMu() : simulator.reaction.ReactionFactor , simulator.reaction.ReactionGrowthFitness
• getMass() : simulator.agent.LocatedAgent
• getMax() : simulator.SpatialGrid , utils.VectorizedArray
• getMaxBulkValue() : simulator.World
• getMaximumRadius() : simulator.agent.LocatedAgent
• getMin() : simulator.SpatialGrid , utils.VectorizedArray
• getMovement() : simulator.agent.LocatedAgent
• getName() : simulator.agent.SpecialisedAgent , simulator.agent.zoo.BactAdaptable , simulator.geometry.Bulk , simulator.geometry.Domain , simulator.geometry.IsComputationDomain , simulator.SoluteGrid
• getNetGrowth() : simulator.agent.ActiveAgent
• getNormalDC() : simulator.geometry.shape.IsShape , simulator.geometry.shape.Planar
• getNormalInside() : simulator.geometry.shape.IsShape , simulator.geometry.shape.Planar
• getNormRand() : utils.ExtraMath
• getOriginalSize() : utils.ComplexArray
• getOrthoProj() : simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC , simulator.geometry.boundaryConditions.IsBC , simulator.geometry.shape.IsShape , simulator.geometry.shape.Planar
• getParam() : utils.XMLParser
• getParamBool() : utils.XMLParser
• getParamConc() : utils.XMLParser
• getParamDbl() : utils.XMLParser
• getParamInt() : utils.XMLParser
• getParamLength() : utils.XMLParser
• getParamMarkUp() : utils.XMLParser
• getParamMass() : utils.XMLParser
• getParamSuch() : utils.XMLParser
• getParamSuchBool() : utils.XMLParser
• getParamSuchDbl() : utils.XMLParser
• getParamTime() : utils.XMLParser
• getParamXYZ() : utils.XMLParser
• getParticleIndex() : simulator.Simulator
• getParticleMass() : simulator.agent.ActiveAgent
• getParticulateYield() : simulator.reaction.Reaction
• getPilusLength() : simulator.agent.zoo.MultiEpisome
• getPilusRange() : simulator.agent.zoo.Episome
• getPopulation() : simulator.agent.Species
• getPotentialShovers() : simulator.agent.LocatedAgent , simulator.AgentContainer
• getPressureGrid() : simulator.diffusionSolver.Solver_pressure
• getProgenitor() : simulator.agent.Species
• getRadius() : simulator.agent.LocatedAgent
• getReaction() : simulator.Simulator
• getReactionIndex() : simulator.Simulator
• getReactionKinetic() : simulator.agent.ActiveAgent
• getReal() : utils.Complex
• getRealAt() : utils.ComplexArray
• getResolution() : simulator.geometry.Domain , simulator.AgentContainer , simulator.SpatialGrid
• getResultPath() : simulator.Simulator
• getScaling() : povray.Povray3DScene
• getShape() : simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC
• getShoveFactor() : simulator.agent.LocatedAgent
• getShoveRadius() : simulator.agent.LocatedAgent
• getShovingGrid() : simulator.AgentContainer
• getSide() : simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC
• getSideName() : simulator.geometry.boundaryConditions.AllBC
• getSolute() : simulator.Simulator
• getSoluteIndex() : simulator.Simulator , simulator.reaction.Reaction
• getSoluteYield() : simulator.agent.ActiveAgent , simulator.reaction.Reaction , simulator.agent.zoo.MultiEpisomeParam
• getSolver() : simulator.Simulator
• getSolverIndex() : simulator.Simulator
• getSpecies() : simulator.agent.Species , simulator.Simulator , simulator.agent.SpecialisedAgent
• getSpeciesIndex() : simulator.Simulator
• getSpeciesParam() : simulator.agent.zoo.ParticulateEPS , simulator.agent.zoo.MultiEpisome , simulator.agent.HasSpecies , simulator.agent.zoo.BactAdaptable , simulator.agent.zoo.BactEPS , simulator.agent.zoo.Bacterium , simulator.agent.LocatedAgent , simulator.agent.SpecialisedAgent , simulator.agent.ActiveAgent , simulator.agent.Species , simulator.agent.zoo.Episome
• getStickinessRadius() : simulator.agent.LocatedParam
• getSum() : simulator.SpatialGrid
• getSymmetric() : simulator.geometry.boundaryConditions.BoundaryCyclic
• getTimeConstraint() : simulator.geometry.Bulk
• getTotalLength() : utils.ComplexArray
• getTotalMass() : simulator.agent.ActiveAgent
• getTotalParam() : simulator.reaction.ReactionFactor , simulator.reaction.ReactionFactorWithConstant , simulator.reaction.ReactionGrowthFitness
• getUniRand() : utils.ExtraMath
• getUniRandInt() : utils.ExtraMath
• getValue() : simulator.geometry.GridElementFloat , simulator.geometry.Bulk
• getValueAround() : simulator.SpatialGrid
• getValueAt() : simulator.SpatialGrid , utils.VectorizedArray
• getValueFromBoundary() : simulator.geometry.boundaryConditions.BoundaryCyclic
• getValues() : utils.VectorizedArray
• getVolGrowth() : simulator.agent.ActiveAgent
• getVolume() : simulator.agent.LocatedAgent
• getVolumeRateGrid() : simulator.diffusionSolver.Solver_pressure
• getVoxelStatus() : simulator.AgentContainer
• getVoxelVolume() : simulator.SpatialGrid
• getWhatsNew() : soft_update.Check_Release_Status
• getWholeArray() : utils.ComplexArray
• getX() : povray.Povray3DScene
• getY() : povray.Povray3DScene
• getZ() : povray.Povray3DScene
• giveName() : simulator.agent.Agent
• givePlasmid() : simulator.agent.zoo.MultiEpisome , simulator.agent.zoo.Episome
• giveStatus() : simulator.agent.zoo.Episome
• grid : simulator.SpatialGrid
• gridDim : simulator.detachment.ConnectedVolume
• GridElementFloat() : simulator.geometry.GridElementFloat
• gridIndex : simulator.agent.LocatedGroup
• gridName : simulator.SpatialGrid
• gridUnit : simulator.SpatialGrid
• group : simulator.agent.LocatedGroup
• grow() : simulator.agent.ActiveAgent
• growthRate : simulator.agent.ActiveAgent
• guessMass() : simulator.agent.zoo.Bacterium